答：《財政部 稅務總局關(guān)于簡并增值稅稅率有關(guān)政策的通知》（財稅[2017]37號）第二條規(guī)定，納稅人購進農(nóng)產(chǎn)品,從按照簡易計稅方法依照3%征收率計算繳納增值稅的小規(guī)模納稅人取得增值稅專用發(fā)票的，以增值稅專用發(fā)票上注明的金額和11%的扣除率計算進項稅額，納稅人購進用于生產(chǎn)銷售或委托受托加工17%稅率貨物的農(nóng)產(chǎn)品除外。
《財政部 稅務總局關(guān)于調(diào)整增值稅稅率的通知》（財稅[2018]32號）規(guī)定，自2018年5月1日起納稅人購進農(nóng)產(chǎn)品，原適用11%扣除率的，扣除率調(diào)整為10%，納稅人購進用于生產(chǎn)銷售或委托加工16%稅率貨物的農(nóng)產(chǎn)品，按照12%的扣除率計算進項稅額。
所以，你公司購買農(nóng)產(chǎn)品取得3%的增值稅專用發(fā)票，不是按專用發(fā)票上注明的進項稅額認證抵扣，而是按取得專用發(fā)票上注明的金額5000元和10%的扣除率計算進項稅額進行抵扣。
